Inštitut za avtomatiko se posveča temeljnim in aplikativnim raziskavam na področjih električnih in precizijskih meritev, meritev neelektričnih veličin, avtomatizacije meritev, avtomatizacije tehnoloških postopkov, vodenja procesov, procesiranja signalov in daljinskega vodenja, komunikacij, senzorskih sistemov, aktuatorjev, teorije sistemov in regulacij, modeliranja in identifikacij, programske opreme v avtomatiki, inteligentnega vodenja, fuzzy in nevronskih sistemov, komunikacij človek – stroj, elektro-optičnih sistemov in krmilne tehnike, procesiranja signalov in slik/videa, daljinskega zaznavanja, analiza optičnih in radarskih (SAR) slik, komunikacij v avtomatiki, industrijskih  vodil, vrednotenje in modeliranje komunikacijskih sistemov, brezžična senzorska vodila, e-učenje ter multimedije in informacijsko komunikacijske tehnologije.

Inštitut sodeluje z več institucijami v tujini, kot so: Technische Universität Graz – Avstrija, Technische Universität Wien – Avstrija, Fachhochschule München, Technische Univerersität München – Nemčija, Deutsche Forschungsanstalt für Luft- und Raumfahrt Oberpfaffenhofen – Nemčija, Tehniška univerza v Sofiji – enota Plovdiv – Bolgarija, Fakulteta za kemijsko inženirstvo in tehnologijo – Univerza v Zagrebu, Elektrotehnična fakulteta v Zagrebu, Fakulteta za elektrotehniko, strojništvo in brodogradnjo – Univerza v Splitu, Naravoslovno matematična in pedagoška fakulteta – Univerza v Splitu – Hrvaška, Slovaška tehnološka univerza v Bratislavi – Slovaška, Fakulteta za elektrotehniko in komunikacijske tehnologije – Tehnološka univerza v Brnu, Tehniška univerza v Pragi – Češka republika, Politechnika University Bucharest – Romunija, Univerza v Kragujevcu – Srbija, Fakulteta tehničnih znanosti Čačak – Srbija,  Univerza  sv. Cirila in Metoda Skopje - Makedonija, Maks Plank Inštitut - Nemčija, Univerza v Nišu – Srbija.